Sirkuit Brno mengalami hujan deras di sore hari setelah sesi dengan cuaca bervariasi pagi tadi, yang membuat para pembalap MotoGP harus berlatih di lintasan basah. Walaupun aspal baru dipasang, genangan air masih terjadi di beberapa tempat, membuat sulit bagi pembalap untuk mencatatkan waktu putaran yang cepat. Meskipun demikian, Jorge Martin berhasil memimpin sejenak dalam klasemen, sementara Aprilia merayakan penampilan Marco Bezzecchi yang konsisten.
Kondisi lintasan yang sulit memberikan kesempatan bagi pembalap untuk menunjukkan kemampuan mereka. Marc Marquez berhasil memimpin sebelum Johann Zarco mengalahkannya menjelang akhir sesi. Dengan bantuan matahari yang muncul di akhir sesi, kondisi lintasan membaik meskipun semua pembalap tetap menggunakan ban hujan. Alex Marquez dan pembalap lainnya harus berjuang melawan kondisi tersebut untuk mendapatkan posisi yang baik di grid start.
Dengan catatan waktu tercepat 2:03,935, Marc Marquez menutup sesi latihan di posisi terdepan, diikuti oleh Johann Zarco dan Fabio Quartararo. Pembalap lain yang berhasil lolos langsung ke Q2 termasuk Jack Miller, Joan Mir, Enea Bastianini, dan Pedro Acosta. Sementara itu, Pecco Bagnaia harus melalui Q1 untuk mencapai posisi start yang baik. Hal ini membuat sesi latihan MotoGP Republik Ceko menjadi semakin menarik untuk diikuti.