Karena aktivisme politik ayahnya, Prabowo menghadapi masa kecil yang terbatas dengan tinggal di luar Indonesia mulai dari kelas tiga sekolah dasar. Namun, cinta terhadap Indonesia, yang ditanamkan oleh orangtuanya dan kakeknya, membuatnya memilih Akademi Militer Nasional daripada melanjutkan pendidikan di universitas Amerika top, meskipun prestasinya di sekolah menengah.
Di Jakarta, Prabowo tinggal di antara rumah ayahnya di Jalan Kertanegara, Kebayoran Baru, dan rumah kakeknya di Jalan Matraman. Tempat tinggal kakeknya, R.M. Margono Djojohadikusumo, berada di sebelah rumah K.H. Hasyim Asyari, kakek dari presiden keempat Indonesia, Gus Dur.
Prabowo juga menghabiskan waktu di Swiss, yang dipicu oleh perselisihan politik antara Prof. Sumitro dan Presiden Sukarno mengenai Partai Komunis Indonesia (PKI), di mana Prof. Sumitro tidak bisa menerima keterlibatan PKI dalam pemerintahan Sukarno, yang menyebabkan pengawasan terhadap rumah di luar negeri Prof. Sumitro oleh lembaga intelijen.
Pendidikannya dilanjutkan di American School di London, di mana Prabowo berhasil sebagai kapten tim sepak bola, debat, dan catur, dan menjabat sebagai editor-in-chief majalah sekolah. Perlu dicatat, selama ini, Prabowo adalah satu-satunya siswa Indonesia di sekolahnya.
